1996년 2월 설립된 국내 의과대학 유일의 의학사 전문교육기관이다. 여인석 교수가 학과장을 담당하고 있다. 2008년 3월부터 대학원에 인문사회의학협동과정을 신설하여 의사학 및 의철학 전공과정을 운영하고 있고, 2018년 9월에는 새로 창설된 인문사회의학교실 산하로 편입되었다. 2008년 5월에는 국내 유일의 의학사 전문 연구기관인 의학사연구소를 설립하여 『한의학, 식민지를 앓다』 등을 시작으로 연세의학사총서를 발간하고 있다.