온누리2000선교본부는 주님 오시는 날까지 복음을 전파한다는 사명을 최우선으로 삼으며, 온누리교회의 선교 비전을 집중시켜 체계적으로 관리 감독하고 있다. 지금까지 72개 국에 1,769명의 선교사를 파송했으며, 841명의 선교사가 지금까지 활동 중이다. 2002년부터 평신도를 위한 선교 기초 훈련 프로그램 ‘Why Mission?’을 운영해 왔으며, 이를 통해 선교 동원은 물론, ‘모든 성도가 선교사적 삶을 살게 하라’는 목적을 성취해 가고 있다. 지금까지 국내외를 포함, 약 6천여 명의 성도가 ‘Why Mission?’을 수료하고 세계 각지에서 선교사적 삶을 살아가고 있다.