1996년 《파워소년 무카》로 데뷔했으며, 그 후 소년잡지 《아이큐점프》에서 〈네모네 가족〉 〈파라다이스〉를 연재했다. 그동안 작업한 책으로 《뿌까의 맛있는 논어》 《만화로 보는 직업의 세계 1, 2》《슈와 안전구조대》 등이 있으며, 〈서울대 선정 만화 인문고전 60선〉 중 《헤로도토스 역사》 《사마천 사기열전》 《중용》, 〈세계대역사 50사건〉 중 《로마의 탄생과 포에니 전쟁》 《카이사르와 로마제국》 《로마제국의 황제들》 《동인도회사와 유럽 제국》 등을 그렸다.

서울대학교에서 지구과학을 공부했다. 중·고등학교 과학 교사로 근무했으며, 중학교 과학 교과서와 교사용 지도서를 집필했다. 그동안 『청소년을 위한 서양 과학사』, 『엉뚱한 생각 속에 과학이 쏙쏙』, 『손영운의 우리 땅 과학 답사기』 등을 펴내, 과학창의재단의 우수 과학 도서로 선정되었다. 기획한 책으로 『서울대 선정 만화 인문고전 60선』, 『이어령의 교과서 넘나들기』, 『닮고 싶은 창의융합 인재』 등이 있으며 지금은 지역 신문에 「손영운의 과학 이야기」를 기고하는 과학 칼럼니스트이면서, 청소년을 위한 과학 관련 책들을 쓰는 과학 작가로 활동하고 있다.