일천 년 전 일식이 일어나던 날, 어둠의 신을 섬기는 그림자 고양이들이 수정동굴을 급습합니다. 이때 그림자 고양이들과의 사투에서 수정동굴을 지켜 낸 '양말 고양이'는 그림자 고양이들의 왕 블랙캣을 수정기둥에 가두고, '태양의 고양이'를 찾아 전세계를 떠돌다가 서울에 고양이 학교를 세웁니다.
이천 년 만에 찾아오는 '아포피스의 때'에 수정동굴을 지키고 황금시대를 열어갈 '태양의 고양이'와 '고양이의 혼'을 찾기 위해서 입니다. 일식이 일어나고, 한 달 후에 월식이 일어나는 '아포피스의 때'는 어둠의 신이 눈을 뜨고 수정이 빛의 눈을 감는 때입니다. 수정 고양이들은 힘을 잃고, 그림자 고양이들은 강한 힘을 받는 위기의 때이자 '태양의 고양이'가 출현하는 시기이기도 합니다.

그림자 고양이들에 맞서고자, 수정 고양이들은 고양이 학교에서 수정마법을 배우며 황금시대를 열어갈 '태양의 고양이'를 기다립니다.
민준이네 집을 나와 고양이 학교에 입학한 버들이는 러브레터와 메산이와 함께 '수정 고양이 반'의 삼총사가 됩니다.
문 대신 창문으로 드나들고, 수업시간에 떠들어야 칭찬 받는 학교에서 버들이는 마법과 수정동굴의 역사를 배웁니다. 어느 날 '수정 고양이 반' 삼총사는 동굴에 들어가지 말라는 털보 선생님의 경고를 무시하고 '야생 고양이 반'의 삼총사와 수정동굴에 들어갔다 오는 내기를 벌입니다. 수정동굴에는 일천년 동안 수정기둥에 갇혀있는 블랙캣과 지상에서 자취를 감춘 수많은 생물 종들의 무덤이 그들을 기다리고 있었습니다.

그리고 서서히 다가오는 '아포피스의 밤!'.
그 즈음 인간 세상에서는 원인 모를 사고가 급증합니다. 그림자 고양이들이 '고양이의 혼'을 없애기 위해 저지른 사고들이죠. 어린 민준이와 세나는 '고양이의 혼'입니다. 고양이 학교 학생들은 민준이와 세나를 지키려고 하고 그림자 고양이들은 아이들의 목숨을 앗아가려고 합니다. 수정 고양이들과 그림자 고양이들 사이의 피할 수 없는 전쟁이 이제 막 시작되는 것입니다.