인류의 위대한 전지에 후퇴는 없어. 우리가 잠시 길을 잃었던 건 사실이야. KGB에 있으면서 나는 고위층의 부패를 직접 보았네. 우리는 그래서 진 거야. 서방 세계에 의해서가 아니가 아니라 우리들 자신 때문에 망한거란 말일세! 또한 나는 브레주네프 서기장의 딸이 결혼식 피로연을 한답시고 겨울 별궁을 약탈하는 것도 두 눈으로 똑똑히 봤지. 자기가 무슨 아나스타샤 황녀라도 된 양 말이야! KGB에 있을 때 나는 서방 세계의 계획과 비밀들을 배웠어. 하지만 우리 동지들이 배운 건 기껏해야 서양 놈들의 부패였어. 동지들, 우리는 그런 것들을 통해 교훈을 얻었네. 세 사상에는 두 부류의 인간이 있다는 것. 공산주의자와 그렇지 않은 자. 믿음이 있는자와 없는 자. 그리고 믿음에 따라 행동하는 자와 행동하지 않는 자. 자네들은 어느 쪽인가?

소련의 붕괴와 함께 대규모 국제분쟁의 가능성은 낮아졌다. 하지만 경험이 많고 고도로 훈련된 국제테러범들이 여전히 존재하며, 일부는 각국의 정보기관들과 지속적인 접촉을 유지하면서 호시탐탐 분쟁을 일으킬 기회를 엿보고 있다. 과거에 강대국들이 테러리스트에게 가했던 제재는 더 이상 쓸모없게 됐다. 바로 이런 문제들 때문에 다국적 대테러부대 레인보우가 탄생하게 된 것이다.

미국 CIA 출신 존 클라크(암호명 : 레인보우 식스)가 이끄는 비밀 부대 레인보우는 미국을 비롯해 영국, 프랑스, 독일, 이스라엘 등에서 최우수 요원을 선발해 창설되었다. 레인보우는 언제 어디서 일어날지 모를 테러에 대비해 최첨단 무기와 장비를 가지고 강도 높은 훈련을 한다.

한편 미국에서는 인류 말살을 기도하는 음모가 두 갈래 방향으로 서서히 실행된다. 하나는 미국의 세 번째 부호이자, 미국 최대 의료 회사 사장인 존 브라이틀링 박사가 전 KGB 요원 드미트리 안드레예비치 포포프를 통해 각국에 숨어 지내는 테러리스트들을 깨워 테러를 일으키는 것이다. 포포프는 테러 이면에 숨겨진 진실을 모른 채 테러리스트들과 접선, 세계의 위기감을 고조시킨다. 또 다른 하나는 인권을 완전히 무시한 채 자행되는 인간 생체 실험이다. 에볼라 바이러스에 암 세포를 주입, 변형시켜 창조한 시바 바이러스는 거의 1백 퍼센트에 가까운 치사율에, 제로에 가까운 회복률을 보인다. 이 바이러스를 만든 과학자 집단은 이것을 세계에 유포해 인간을 말살시키려는 계획을 세운 것이다. 이들은 지구를 괴롭히는 인간이란 종을 말살하고, 소수의 뜻있는 자들만 살아남아 자연을 원래대로 되돌려야 한다는 신념에 사로잡힌 극단적 환경주의자들이다. 실험용 흰쥐보다도 인간을 하찮게 여기는 이들은 민간인들을 납치, 시바 바이러스의 위험성과 그 백신의 효능을 실험한다.

레인보우는 미국에서 자행되고 있는 인간 생체 실험에 대해서는 전혀 모른 채 포포프가 일으키는 테러를 막기 위해 각국으로 파견된다. 테러로 보기에는 무언가 어설프고, 단순 무장 강도로 보기에는 사용 무기가 적합하지 않은 베른 상업은행 사건, 잊지도 않은 국제 금융 전산망의 개인 접속 암호를 대라며 금융업자 에르윈 오스터만을 납치한 사건, 그리고 이어지는 스페인 테마 파크의 끔찍한 테러를 막음으로써 레인보우는 자신의 실력을 증명한다.

존 브라이틀링의 테러 사주, 시바 바이러스 실험, 레인보우의 활약상 등 이렇게 세 갈래로 나뉘어 진행되던 이야기는 한 순간 만난다. 극비에 붙여졌던 레인보우의 존재를 존 브라이틀링 측이 알게 되고, 레인보우 역시 포포프의 존재를 포착, 추적에 나선다. 한편 미국 뉴욕에서는 생체 실험을 위해 납치된 여성들의 흔적을 찾아 FBI가 동원된다. 실타래처럼 엮인 각각의 사건들은 교묘하게 맞물려 예측불가능한 결말로 향하는데…. 인류종말을 노리는 과학자들의 숨겨진 계획, 레인보우와 포포프가 마주치는 끔찍한 진실은 과연 무엇일까?