토마스 앤더슨에게는 두 개의 신분이 있다. 하나는 거대 기업의 프로그래머 앤더슨, 다른 하나는 사이버 스페이스를 무법 천지로 누비고 다니는 해커 네오. 어느 날 네오는 선글라스를 낀 비밀요원들에게 체포된다. 그들은 앤더슨에게 전설적인 해커 모피어스의 체포를 위한 정보를 제공하라고 협박한다. 앤더슨은 거부하지만, 요원들은 이상한 기계곤충 같은 것을 그의 뱃속에 집어 넣는다. 놀라 깨어난 앤더슨은 자신의 방 안에 있음을 깨닫는다. 그리고 트린에게서 걸려온 전화. 앤더슨은 요원들을 만난 것이 꿈이 아니었음을 알게 되고, 모피어스를 만나게 된다. 모피어스는 그에게 양 갈래 길을 보여준다. 하나는 최근 벌어진 이상한 일들을 모조리 잊어버리고 평범하게 살아가는 것, 다른 하나는 이 삶이 거짓이었음을 인정하고 진실을 받아들이는 것이다.

후자를 택한 앤더슨은 이상한 곳에서 깨어난다. 머리 뒤에는 플러그가 장착돼 있고, 온몸에 케이블이 연결된 상태로 거대한 거미집 같은 곳에서 깨어난 것이다. 앤더슨을 구출한 모피어스와 그의 동료들은 그에게 진실을 알려준다. 현재는 2019년이고, 인간은 인공지능을 가진 기계에 의해 양육된다. 인간의 생체 에너지를 기계의 몸에 부여하는 끔찍한 매트릭스의 세계에 들어 오게 된 것이다.