제1화: 홀로남은섬
할아버지와 코난은 렘난트섬에 표류해 온 소녀를 자신들의 보금자리로 안고 온다. 그 소녀의 이름은 라나이며 인더스트리안 사람들의 추적을 피해 렘난트섬으로 오게 되었다. 코난과 할아버지와 함께 하룻밤을 보낸 라나는 코난에게 아름다운 고향 "하이하버"에 대해 이야기 해준다. 코난은 슬픔에 잠긴 라나를 가볍게 안고 달린다.

제2화: 친구를 찾아서
무거운 발걸음으로 섬으로 돌아왔지만 할아버지는 숨을 거두려고 한다. 할아버지는 대변동 당시 로켓트로 지구를 탈출하려 했지만 렘난트섬에 불시착한 사람들과 코난의 탄생에 대해 이야기해준 후....

제3화: 새친구 포비
폭풍우에 휩쓸려 어느 섬에 상륙한 코난은 야생소년 포비와 만나 결투 끝에 서로 의기투합하게 된다. 포비의 입으로부터 '인더스트리아'에 대해 들은 코난은 정박중인 '바라쿠타호'에 잠입하기로 결정한다.

제4화: 다져진 우정
코난과 포비는 바라쿠다호에 잠입하여 먹을 것을 훔쳐먹고 난동을 피우다 다이스 선장에게 붙잡힌다. 둘은 곤장을 맞은 뒤 창고에 갖혀 일하게 되지만 곧 배의 일원이 된다.

제5화: 인더스트리아 성
긴 항해 끝에 바라쿠타호는 '인더스트리아'에 도착한다. 그 곳은 콤비나트의 잔해로 둘러싸인 과학문명의 폐허였다. 사막 가운데 회색빛을 띠고 서있는 삼각탑의 회의실에서는 최고위윈회 10인의 장로들과 행정국장 레프카, 차장 몬스리에 의해 다이스 선장과 라나에 대한 조사가 행해지고 있었다.

제6화: 선장의 배신
코난은 삼각탑 외벽을 타고 올라가 라나와 다시 만나게 된다. 정찰을 돌던 쿠즈를 발차기 한 방으로 쓰러뜨린 코난은 라나를 앉고 삼각탑에서 결사적으로 뛰어내린다.

제7화: 인더스트리아를 탈출하라!
레프카에 대한 반감 때문에 인더스트리아에 반역하기로 결심한 다이스 선장은 라나를 빼앗은 후, 바라쿠타호를 이끌고 도주하려고 하지만 비행정 '파르코'에게 발견된다. 탈옥한 후 '파르코'에 잠입했던 코난은 재빨리 바다로 뛰어든다.

제8화: 마음의 소리
바다 가운데서 코난의 목소리를 들은 라나는 혼신의 힘을 다해 밧줄을 물어뜯은 후 물보라에 휩쓸린 코난을 구한다.코난과 라나는 '건보트'의 포격을 받아 대파된 상륙정과 함께 물속으로 가라앉는다.라나는 상륙정 파편에 전기수갑이 걸려 몸을 움직이지 못하는 코난을 필사적으로 구출하려한다.

제9화: 수수께끼의 파찌
지쳐 쓰러진 둘은 애꾸눈의 거구 파치의 손에 구조되어 그가 지휘하는 살베지선에서 일하게 된다. 점수를 따 2급시민 승격을 꿈꾸는 테리트의 밀고로 인해 레프카는 둘의 존재를 알게 된다.

제10화: 라오박사
다이스는 레프카에게서 탈출을 꾀하나 실패하게 된다.파치는 인양작업중 사고를 당하나 코난이 그를 구해준다.그 가운데 파치는 자신이 라나의 조부 라오 박사라고 정체를 밝힌다. 그는 예전의 대변동이 다시 일어날 것을 예견하고 둘과 함께 살베지선을 떠난다.

제11화: 사막의 지진
사막에 숨겨진 '플라잉머신'을 작동시킨 3명은 도중 몬스리일당의 공격을 받지만 이겨내고 사막에 묶여있던 다이스 선장을 풀어준 후 '플라잉머신'의 부품조달을 위해 다시 인더스트리아로 향한다 라오 박사와 라나는 지하의 '코아블럭'에 잠입한다.

제12화: 지하 비밀 통로
다이스 선장과 코난은 잡혀있던 지므시, 바라쿠타호 선원들, 그리고 루케 등 해방운동 투사들을 구한다. 전투원들에게 쫓긴 라나를 구한 코난과 포비는 정교한 팀워크로 박사를 구출, 플라잉머신을 타고 삼각탑을 탈출한다. 바다 한가운데에서 바라쿠타호와 합류한 일행은 녹색의 섬 하이하버로 향한다.

제13화: 아름다운 섬
바라쿠다 호에 내려선 플라잉머신. 그러나 라오 박사는 인더스트리아에 남은 사람들을 구하기 위해 다시 돌아가고 꿈에 부풀어 하이하버에 도착하는 바라쿠다 호는 라나를 납치해 간 전적으로 격침을 당하는 해프닝이 벌어진다.

제14화: 섬의 하루
하이하버의 평화로운 아침, 라나에게 마을 안내를 받는 코난과 지무시는 풍차촌에서 소녀들의 환영에 놀란 후 바라쿠다 호의 선원들이 일하는 광경을 보고 자신들도 일할 결심을 한다.

제15화: 산너머 마을
산 너머 황무지로 향하는 코난과 지무시는 돌연 나타난 오로 일당에게 붙들린다. 돼지사냥은 마을사람들과 관계없다고 말하는 두 사람에게 오로는 비슷한 돼지를 잡으면 용서해주겠고 말한다.

제16화: 나무위의 오두막집
어느 날 라나는 라오 박사가 화염에 휩싸이는 악몽을 꾼다. 절벽에 서서 생각에 빠진 라나. 코난은 그런 라나를 배에 태우고 치토의 마을로 가고 지무시는 그곳에서 양돈을 배운다.

제17화: 빗나간 작전
오로 일당을 가볍게 격퇴하는 인더스트리아 전투원. 이른 아침부터 모인 하이하버의 사람들은 마을을 지키기 위해 싸울 결의를 하고 입구를 봉쇄한다. 한편 붙잡힌 오로는 몬스리와 섬의 지배권을 조건으로 협력을 약속, 도망을 가장해 마을에 잠입한다.

제18화: 침몰하는 전함
달려온 코난, 전투원을 물리치고 라나를 안고 도망가지만 이내 미사일 공격으로 기절한다. 라나는 코난을 지키려고 땅에 묻은 감싸안는다. 이미 인더스트리아의 병사들에게 점령당한 마을, 갈의 도움을 받은 코난은 건보트를 침몰시키기 위해 폭탄을 창작, 선내에 감금된 라나에게 자신이 올 때까지 기다리라고 전한다.

제19: 섬을 덮친 해일
건보트의 침몰은 인더스트리아 병사들에게 큰 충격이었지만 몬스리만은 흔들리지 않는다. 다음 작전을 지시하고 정원에서 혼자 과거에 잠기는 몬스리. 갈과 코난은 병사들이 바라쿠다 호를 이용하려는 계획을 알고 배를 폭파하려고 한다.

제20화: 인더스트리아를 향하여
대해일 다음 날, 하이하버의 사람들은 병사들을 마을의 일원으로 받아들인다. 유독 대화를 거부하던 몬스리도 이내 마을여자들에 의해 전투복을 평상복으로 갈아입는다. 한편, 코난은 대해일이 인더스트리아 이변의 영향으로 생각하고 라오 박사와 주민들의 안전을 위해 돌아갈 것을 결심한다.

제21화: 지하도시의 위기
인더스트리아에 도착직전 파르코의 총격을 받아 비행머신은 불길에 휩싸이고 코난과 라나는 서로 헤어지게 된다. 행정국원들의 추격을 피해 지하거주구역으로 피신한 라나와 지므시, 다이스 선장 3인은 루케를 비롯한 지하주민들과 합류한다.

제22화: 장갑문을 열어라
코난은 섬각탑안으로 라나를 구하러 잠입한다.지하세게사람들은 탈출을 꾀한다. 레프카의 간계에 빠진 라나는 삼각탑에서 라오 박사와 다시 만나게 되고 라나는 박사를 설득하라고 협박하는 레프카에게 냉정하게 거절한다. 화가난 레프카는 하늘위의 안테나판에 라나를 올려놓고 고문을 가한다.

제23화: 태양 에너지
점차 의식이 사라지는 라나의 귀에 코난의 목소리가 들린다. 라나의 눈아래 장갑셔터가 천천히 열리고 있었다. 해방된 지하주민들이 파도와 같이 태양탑으로 몰려 들었다. 라나를 인질로 잡고 플라잉머신으로 도망가려는 레프카도 코난의 발차기에 쓰러진다. 지하주민들은 해방의 기쁨에 잠기고, 라오 박사는 위원들에게 지시하여 태양에너지를 부활시킨다.

제24화: 우주비행기
지하에 잠입한 레프카는 태양에너지를 훔쳐 마침내 '기간트'를 발진시킨다. 파르코를 타고 '기간트'에 돌진한 코난, 지므시, 다이스 선장은 기간트 날개위를 달려 기관실로 잠입한다.

제25화: 인더스트리아의 최후
치열한 전투끝에 레프카는 기간토와 함께 최후를 맞이한다. 한편 탈출선은 인더스트리아를 떠나고, 원로위원들은 삼각탑에 남아 대지의 광채 속으로 사라진다.

제26화: 새로운 세계를 향하다
살아 돌아온 코난에게 라나를 맡긴 박사는 미래를 확신하며 편안히 잠이 든다. 다이스 선장의 고별사에 맞춰 라오박사의 관은 바다속으로 잠긴다. 코난과 라나는 라오 박사의 말을 가슴에 세기며 바다를 바라본다. 세월이 흘러 하이하버에서는 마을사람들의 축복속에 다이스 선장과 몬스리의 결혼식과 바라쿠타호의 진수식이 펼처진다.