올 여름, 포켓몬 사상 최대의 미션이 시작된다!
전설의 보물이 숨겨진 바다의 신전 '아크셔'를 향한 신비한 모험의 세계!

사막에서 길을 잃고 헤매던 지우와 포켓몬 일행은 수중 포켓몬쇼로 유명한 마리나 서커스단의 인기스타 이자벨을 만난다. 지우와 포켓몬 일행은 이자벨에게 이 바다 속 어딘가에 물의 일족이 만든 바다 속 신전 '아크셔'가 있고, 그 곳에는 "바다의 왕관"이라 불리는 보물이 숨겨져 있다는 것을 듣게 된다.
그리고, 지우와 포켓몬 일행은 우연히 포켓몬 레인저 '잭 워커'를 만나게 된다. 잭 워커는 바다의 포켓몬들의 리더이며 환상의 포켓몬이라고도불리우는 바다의 왕자 '마나피'의 알을 바다의 신전 '아크셔'까지 안전하게 수호하는 극비미션을 수행 중인 인물. 지우 일행도 포켓몬 레인저의 미션에 협력하기로 한다.

그런 와중에 포켓몬 레인저와 지우 일행은 바다의 해적 '팬텀 톨프'의 습격을 받는다. 팬텀톨프는 전설의 보물인 "바다의 왕관"을 통해 세계정복을 꿈꾸는 야심가! 하지만, "바다의 왕관"을 얻기 위해서는 환상의 포켓몬 '마나피'가 꼭 필요하다. 포켓몬 레인저와 지우 일행은 포켓몬들의 힘을 빌려, '마나피의 알'을 노리는 해적 팬텀 톨프에 대항하지만 그의 메카닉으로 인해 큰 위기에 직면하게 된다.

과연, 마나피와 바다의 신전 '아크셔'에 얽힌 비밀은 무엇인가?
그리고 숨겨진 마나피의 신비한 힘은?
과연 지우와 포켓몬 레인저 일행은 이 절대적 어려운 상황에서 바다의 왕자 '마나피'를 보호하고, 이 엄청난 난관의 임무를 완수할 수 있을까!?

지금, 바다의 신전 '아크셔'를 향한 포켓몬들의 짜릿한 바다 속 대모험이 시작된다!