가까운 미래의 일본 메가사키 광역시, 급격히 불어난 개들이 질병을 퍼뜨리며 인간에게 해를 끼치자 고바야시 겐지 시장은 개들을 쓰레기 섬으로 추방하라는 법령을 공표하고, 모범을 보이기 위해 양자인 아타리의 경호견 스파츠를 1호로 지목한다. 6개월 뒤, 12세 소년 아타리는 스파츠를 되찾기 위해 경비행기를 몰고 왔다가 쓰레기 섬에 불시착한다. 아타리는 그곳에서 만난 치프, 렉스, 보스, 킹, 듀크 등 생존력 강한 다섯 마리 개들의 도움을 받아 스파츠의 소재를 찾아나선다. 한편 메가사키 대학의 와타나베 교수는 개치료제 개발을 완료하지만, 고바야시 시장의 사주에 의해 독살당하고 만다. 해외 교환학생 워커가 개들에 관련된 음모론을 주장하는 가운데, 고바야시 시장은 개들을 몰살하기 위한 마지막 단계에 착수하는데…