1954년 하이파 출생으로, 부모는 나치의 억압을 피해 독일에서 이스라엘로 건너 온 유대인이었다. 예루살렘의 헤브루 대학을 졸업했으며, 저명한 아랍 역사학자 앨버트 후라니와 로저 오웬의 지도로 옥스포드 대학에서 박사 학위를 취득했다. 1984년부터 2007년까지 하이파 대학 정치학과 교수로 있었다. 이스라엘 학자로서 시온주의와 이스라엘의 공식 역사에 도전하는 대표적인 학자로 평가 받고 있다.

유대인 학자 파페는 “하마스의 정치적 이데올로기에는 동의하지 않지만 그들이 이스라엘 점령에 대해 저항하고 있다는 점에서 그들을 지지한다”고 말할 정도로 이스라엘을 비판하는 데 주저함이 없다. 그는 이스라엘 민주주의가 오로지 유대인들만을 위한 것이었으며, 다른 공동체들을 위한 공간은 존재하지 않는다고 말한다. 그에 따르면, 점령을 행하는 어떤 국가도 민주국가라고 불릴 수 없다. 특히 그는 이스라엘인들이 의도적으로 팔레스타인들을 추방했다는 명제에 동의하며, 반시온주의적 관점과 식민주의적 맥락에서 시오니즘을 분석하고 있다.

하지만 그는 이스라엘 밖에서는 이스라엘을 대표하는 행동하는 지성으로 높이 평가받고 있다. 고 에드워드 사이드는 1998년 파페를 “가장 뛰어나고도 도발적인” 학자라고 평가했으며, 노엄 촘스키 역시 그를 현존하는 이스라엘 지식인 가운데 가장 양심적인 사람으로 평가한다. 현재 그는 미국 학계에서 팔레스타인 문제에 대한 가장 저명한 학자이자 활동가로서 스타 파워를 가진 지성인으로 부상 중이다. 현재는 이스라엘을 떠나 영국으로 이주해 살고 있으며, 엑시터 대학의 역사학과 교수로 있다. 역사가이자 인권운동가로서 중동 정치에 대해 활발한 저술 활동을 펼치고 있다.

주요 저서로는 『아랍-이스라엘 갈등의 형성, 1947~1951』(The Making of the Arab-Israeli Conflict, 1947~1951), 『현대 중동』(The Modern Middle East), 『팔레스타인의 인종 청소』(The Ethnic Cleasing of Palestine), 『일란 파페』 등이 있다.