조선조 중종 15년(1520) 평안도 안주에서 태어났다. 열 살에 아버지를 여의고 어린 나이에 인생무상을 느꼈다. 12세 때 안주 목사 이사증의 눈에 띄어 성균관에 입학하지만 3년 뒤 동학들과 지리산을 유람하던 중 쌍계사의 숭인장노를 만나 출가하게 된다. 당시 최고 선지식 부용영관 대사에게 선을 배우고, 18세에 정식으로 스님이 되어 법명을 휴정이라 하였으며, 30세에 승과에 장원으로 급제한다. 이후 금강산과 지리산을 거쳐 묘향산에서 오래 주석하였느데, 묘향산의 옛이름이 서산이기에 서산대사라 불리게 되었다. 선조37년(1604) 원적암에서 임종게를 남기고 가부좌를 튼 채 입적하였다. 세수 85세 법랍 67세였다. 저서에 《선교석》,《선교결》,《유가귀감》, 《도가귀감》,《심법요초》, 《운수단》 《청허당집》이 남아 전한다.