독일 아우크스부르크에서 태어났다. 20세기 최고의 서양고전문헌자로 평가 받는 그는 뮌헨 대학의 오토 크루시우스(Otto Crusius) 교수의 지도 아래 서양고전문헌학을 공부했고, 1912~21년까지 뮌헨 대학의 중앙도서관에서 사서로 근무했다. 제1차 세계대전의 절정이라 할 수 있는 1916년의 베르됭 전투에서 중상을 입은 파이퍼는 서양고전문헌학의 연구에 일생을 바치기로 결심한다. 1920년에 휴가를 얻은 그는 베를린을 방문한다. 이 곳에서 그는 새로 발견된 칼리마코스의 파피루스 고문서를 해독하는 데 몰두하였다.
이 시기에 빌라모비츠-묄렌도르프(Ulrich von Wilamowitz-Moellendorff)를 만나게 된다. 당시 서양고전문헌학의 대학자였던 빌라모비츠는 그의 학자적 재능을 높이 샀으며, 그의 지도와 조력을 받으면서 파이퍼는 전도유망한 학자의 길로 들어서게 된다. 스승 빌라모비츠에 대해 파이퍼는 깊은 경외심을 품었고, 그의 [논문 모음집](Kleinen Schriften)의 편집에 참여하기도 했다. 1921년 에두아르트 슈바르츠(Eduard Schwartz)의 지도를 받아 헬레니즘 시대의 서정시인이자 알렉산드리아 도서관의 관장이었던 칼리마코스 연구로 교수 자격 논문(Habilitation)을 저술한 파이퍼는 1923년 프리드리히-빌헬름 대학의 초빙 교수로 부임했지만, 같은 해에 신생 대학인 함부르크 대학의 서양고전문헌학 교수로 자리를 옮기게 된다. 1927년부터 그는 프라이부르크 대학에서 강의를 했고, 1929년부터 1937년까지 슈바르츠의 후임으로 그리고 다시 1951년부터 1957년 정년퇴임 때까지 뮌헨 대학에서 서양고전문헌학을 강의했다. 유대인 여성과 결혼했던 그는 1937년 나치 치하의 독일을 떠나 영국으로 망명했고, 1938~51년에 그는 옥스퍼드 대학의 코르푸스 크리스티 칼리지(Corpus Christi College)에서 연구를 계속하게 된다. 언어 문제 때문에 그는 1946년에야 비로소 서양고전문헌학의 역사를 강의하는 강사로 위촉 받았다. 1948년에 조교수(Senior Lecturer)가 되었고, 1950년에 부교수(Reader)가 되었으며, 그 후에야 정교수로 임명되었다. 험난했던 영국 생활 초기에 그는 옥스퍼드 대학 출판부에서도 취직할 수 있었는데, 이를 계기로 그는 자신의 모든 저서들을 이곳에서 출간한다. 마침내 그는 영국 국적을 취득했고, 제2의 고향이 된 옥스퍼드는 그가 작고할 때까지 그에게 감사의 마음을 표했다. 영국에서의 망명 체류 기간은 파이퍼에게 연구자로서 활동을 펼침에 있어서 최고의 시기였다. 탁월한 서양고전문헌자들(이 중에는 에두아르트 프랭켈Eduard Fraenkel과 파울 마스Paul Maas 등의 독일인도 있었는데)과 함께 작업할 수 있었을 뿐만 아니라, 영국은 많은 희귀본들과 엄청난 수의 파피루스 고문서들로 넘쳐난 곳이었기에, 그의 관심 분야를 연구하기에 안성맞춤인 곳이었기 때문이다. 그의 연구 영역은 이미 뮌헨 대학 시절에 그리스 문학 전체, 즉 호메로스, 서정시, 비극에 걸쳐 있었다. 그럼에도 그는 자신의 연구 범위를 더 넓혀나갔다. 그는 이미 박사 학위 논문에서 다루었던 주제인 서양의 인문주의(Humanismus) 전통과 에라스무스에 대한 연구를 더욱 심화시켜 나갔다. 옥스퍼드 시기에 그가 몰두한 연구는 무엇보다 헬레니즘 시인인 칼리마코스에 관한 분석이었다. 이와 관해서 그는 이미 교수 자격 취득 논문과 또 새로 발견된 고문서를 다룬 책에서 쓴 일이 있었지만, 옥스퍼드에서 심화시킨 연구 덕분에 그는 옥스퍼드에서 최고의 자리를 얻을 수 있었다. 새로 발견된 문서를 다룬 글(“Meliorem locum unde Callimachus edi possit non invenias”)은 1949~53년에 출간되었는데, 20세기 출판이 거둔 위대한 성과 가운데 하나로 평가 받는다. 1953년 이후부터 파이퍼는 자신이 주요 연구 분야의 서양고전문학의 역사를 처음부터 서술하는 연구에 착수한다. 이 연구 프로젝트를 수행하는 데 그보다 더 적임인 사람은 없었다. 이 연구를 통해서 그는 “문헌학”(philologia)이라는 학문에 “고전”(classical)이라는 형용사를 추가해야 한다고 제안했고, 이렇게 서양고전문헌학을 부르는 학문 명칭은 고문헌을 다루는 기능적 학문인 “문헌학”(Philology)에서 “고전학”(classical scholarship)으로 바뀌게 되었다. 물론 “고전” 개념의 이해와 관련해서는 그가 비록 베르너 애거(Werner Jaeger)와는 다른 이해를 가졌지만 말이다. 서양고전문헌학계의 대가였던 빌라모비츠도 “고전학” 대신에 “문헌학”(Philologie)을 사용하였다. 그는 이 책의 집필을 마치는 데 성공하였고, 현재 그의 유고들은 뮌헨의 바이에른 국립도서관에 보관되어 있다.
저서캷 Kallimachosstudien; untersuchungen zur Arsinoe und zu den Aitia des Kallimachos(1922), Callimachi fragmenta nuper reperta(1923), Humanitas Erasmiana(1931), Callimachus 1/2(1949/1953), Philologia perennis(1961), History of classical scholarship. From the beginnings to the end of the Hellenistic age(1968), History of classical scholarship. From 1300 to 1850(1976) 등이 있다.