1975년 미시간 주 트래버스시티에서 태어나 『담요』의 배경이기도 한 위스콘신의 시골에서 어린 시절을 보냈다. 엄격한 기독교주의 가정에서 자란 그는 늘 성경을 읽어야 했고 TV 시청도, 음악을 듣는 것도 모두 부모님의 허락이 있어야만 했다. 유일하게 예술적인 충족감을 얻을 수 있었던 것은 만화 월간지뿐이었다. 애니메이션 감독을 꿈꾸며 고등학교 시절을 보냈으며, 대학교 때는 대학 신문에 만화를 연재하는 등 본격적인 만화가의 길을 모색하기 시작했다. 1999년 『안녕, 청키 라이스』로 데뷔했고, 그 이듬해에 하비상 〈재능 있는 신인〉 상을 수상하며 그래픽노블 작가로서 이름을 날리기 시작했다.

자전적인 작품인 『담요』로 2004년 각종 만화 상을 휩쓸며 미국의 그래픽노블 작가로서 중요한 위치를 차지한다. 『담요』의 성공 요인을 묻자 작가는 〈액션 장르가 아닌 다른 대안 만화의 표준을 제시하였기 때문〉이며 〈허무주의나 냉소주의 등 어떠한 메시지도 담으려고 하지 않았기 때문〉이라고 대답했다. 이러한 성공에도 불구하고 그의 가족과 종교에 대한 너무나 정직한 표현으로 작품 발표 후 크레이그 톰슨의 부모와 그의 관계는 별로 좋지 않았다고 한다. 그 외의 작품으로는 프랑스, 바르셀로나, 알프스 그리고 모로코를 방랑하면서 그 여행지의 문화와 모습을 즉흥적이고도 열정적으로 기록한 여행 일기인『여행기』와 사막, 하렘 그리고 현대 산업화의 흔적 사이에서 살아가는 두 노예의 사랑 이야기『하비비』, 진정한 가치를 찾아 떠나기를 주저하지 않는 귀여운 거북이의 이야기 『안녕, 청키 라이스』가 있다.