1914년 오스트리아 빈에서 출생했다. 부모님은 페루츠가 법학을 공부해 가업을 물려받기를 원했지만 그는 화학에 관심이 있었다. 빈대학에 들어가 화학을 공부하며 유기생화학에 특별한 흥미를 느낀 그는 1936년 캐번디시연구소의 J. D. 버널이 이끄는 결정학그룹의 연구원으로 일하기 시작했고 며칠 뒤에는 피터하우스칼리지에 대학원생으로 입학했다. 제2차 세계 대전이 발발하자 영국에 있던 다른 독일인, 오스트리아인들과 함께 포로수용소에 갇혔다가 동료들의 도움으로 석방되어 전쟁이 끝날 때까지 하박국이라는 비밀 기관에서 얼음 배 만드는 임무를 수행했다. 이후 그는 헤모글로빈의 구조를 밝히기 위한 연구를 계속하다 1962년 헤모글로빈과 미오글로빈의 구조를 밝힌 공로로 존 켄드루와 함께 노벨 화학상을 공동 수상했다. 페루츠는 분자생물학연구소(LMB)의 이사장으로서 자유로우면서도 효율적인 운영 방식으로 많은 인재를 양성하며 자신의 연구도 게을리 하지 않았다. 그는 또한 뛰어난 강연자로 40여 년 동안 다양한 계층의 사람들을 대상으로 수많은 강연을 했으며 2002년 87세의 나이로 생을 마감했다.

주요 저서로는 『과학은 필요한가?(Is Science Necessary?)』(1989), 『단백질 구조(Protein Structure)』(1992), 『과학은 조용한 삶이 아니다(Science Is Not a Quiet Life)』(1998) 등이 있다.