1959년 11월 창립되어 미생물학의 기초 및 응용에 관한 연구를 장려하고 그 지식보급을 도모함을 목적으로 하는 학술단체이다. 국제적으로는 1993년 국제미생물학회연맹(International Union of Microbiological Societies, IUMS)에 가입하였다. 국내적으로는 대한미생물학회, 대한바이러스학회, 한국균학회, 한국미생물·생명공학회와 함께 한국미생물학회연합에 가입하여 공동학술대회를 개최하는 등 활발한 학술교류를 하고 있으며, 이외에도 강원,충청 지부와 8개 분과를 두어 세미나, 특별강연회 등을 통하여 지역학술교류에도 이바지하고 있다. 현재 미생물학 분야를 전공하는 전국의 미생물학자 2,200여 명이 회원으로 가입되어 있으며, 미생물학과 관련된 생화학, 생리학, 분자생물학, 생태학, 산업미생물학, 병원미생물학, 유전(공)학, 면역학 등의 전문 분과가 구성되어 미생물학 제분야에서 연구 및 교육에 전력을 다하고 있다.