고창군농민회는 1987년 3월 23일 창립했다. 고창군농민회가 고창 지역에 깃발을 꽂기까지는 10년의 시간이 필요했다. 1977년 EYC 농민선교교육크리스찬아카데미 교육을 필두로, 1980년 전주 이서개발원에서 집중적으로 농민 의식 교육을 받았으며, 1983년 4월 19일 고창군 기독교농민회를 결성하면서 고창군농민회 태동의 씨앗을 뿌렸다. 1987년 고창군 기독교농민회는 자주적농민회에 대한 회원들의 열망에 따라 고창군농민회로 개칭했다. 1990년 4월 24일 전국농민회총연맹이 결성되면서 지금까지 전농 산하 고창군농민회로 활동 중이다.