부모님을 따라 초등학교 5학년 때 일본으로 건너가 동경한국학교 초등부를 졸업했고, 일본 공립 중고등학교를 다녔다. 고등학교 시절에는 전교 회장을 할 정도로 씩씩한 한국 학생이었다. 이후 귀국해서 서울대학교 동양사학과를 졸업하고 계몽사 편집부에서 일했다. 두 아이를 낳고 늦은 나이에 한국외국어대학교 대학원에서 1000년 전 일본 헤이안 시대의 문학을 공부해서 박사 학위를 받았고, 중앙대학교에서 박사후연수를 마쳤다. 지금은 백석예술대학교 외국어학부에서 학생들을 가르치면서 칼럼을 쓰고 책을 저술하는 데 전념하고 있다. 『토끼가 새라고??: 고선윤의 일본이야기』(안목, 2016)가 대표적 저서다.
「이상적 풍류인 이로고노미」, 「헤이안 귀족의 미야비」 등 많은 논문을 발표했고 저서로는 『헤이안의 사랑과 풍류: 이세 모노가타리』(제이앤씨, 2014)가 있다. 함께 저술한 책으로는 『공간으로 읽는 일본고전문학』(제이앤씨, 2013), 『놀이로 읽는 일본문화』(제이앤씨, 2018), 『의식주로 읽는 일본문화』(제이앤씨, 2018), 『동식물로 읽는 일본문화』(제이앤씨, 2018) 등이 있다. 역서로는 『은하철도의 밤』(다락원, 2009), 『세상에서 가장 쉬운 철학책』(비룡소, 2009), 『해마』(은행나무, 2006), 『3일만에 읽는 세계사』(서울문화사, 2004) 등 60여 권이 있다.