2008년 12월에 세종대 부설연구소로 학교의 인가를 받아 호사카 유지 교수가 소장으로 취임했으며, 2009년 5월에는 개소식 및 국제학술세미나를 개최해 정식으로 출범했다. 지금까지 독도 시민강좌 개최, 독도 관련 자료수집, 미국 및 호주 등지의 독도 단체들과 교류하는 등의 활동을 하고 있다. 현재 교수 4명이 참여해 연구원 3명과 함께 운영하고 있다.