둔황연구원은 세계문화유산인 둔황(敦煌) 막고굴(莫高窟), 톈수이(天水) 맥적산(麥積山) 석굴, 융징(永靖) 병령사(炳靈寺) 석굴과 중국 중점 보호 문물인 과주(瓜州) 유림굴(?林窟), 둔황 서쪽 천불동(千佛洞), 칭양(慶陽) 북쪽 석굴사(石窟寺)를 관리하는 종합 연구형 기관이다. 연구원의 사업 목표는 보호, 연구, 선양(弘揚)이다. 둔황연구원의 전신인 중국 국립 둔황예술연구소(敦煌藝術?究所)는 1944년에 설립되었고, 1951년 둔황문물연구소(敦煌文物?究所)로 개편되었다가 1984년에 둔황연구원으로 확대, 승격되었다.

현재 둔황연구원은 명예원장인 판진스(樊錦詩)와 원장이자 당위원회 서기인 왕쉬둥(王旭東)이 이끌고 있다. 둔황연구원은 당과 국가의 정책 방침을 따라 중앙의 관련 부문 위원회와 간쑤성(甘肅省) 성 정부 및 각급 정부 부문의 장기적인 관심과 지지 아래 창수훙(常書鴻), 돤원제(段文傑), 판진스 등 연구원을 대표하는 사람들과 역대 막고굴 연구자와 함께 보호, 연구, 선양이라는 업무 방침을 중심으로 여러 어려움을 이겨내며 ‘사막을 수호하고 몸과 마음을 바쳐 용감하게 맡은 일을 해내며 앞으로 나아가는 막고굴 정신’을 형성했다. 또한 문물의 가치를 드높이는 동시에 균형 잡힌 발전 관리 모델을 확립했으며, 둔황 문화를 보호, 연구, 선양하는 데 있어서 나름의 성과를 거두었다. 둔황연구원은 중국에서 가장 많은 세계문화유산을 보유하고 있으면서 그 관리 영역이 가장 넓은 문물 관리 기구다. 또한 세계 최대 규모의 둔황학 연구 단체이자 중국의 벽화와 유적 보호 사업의 중심 기구인 1급 박물관이다.