2018년에 설립된 여순연구소는 여순사건으로 표출되었던 국가폭력의 문제를 중점적으로 연구하고, 이론적으로 체계화하여 평화와 인권 등 인류 보편적 가치를 추론하고 사회적으로 확산시켜 나가는 것을 목적으로 하고 있다. 현재 10여 명의 연구자들이 여순연구소에서 여순사건에 대한 심층적인 연구를 진행하고 있다. 여순사건의 역사적 성격을 명확하게 규명하고 국가폭력·비인간·빨치산·반공문화 등의 연구를 체계적으로 정리하며, 미시사의 측면에서 여순사건 관련인들의 증언 채록을 병행하고 있다. 여순연구소는 여순사건과 관련된 연구를 학제적 융복합 학문으로 접근하여 이 분야의 세계적인 연구소를 목표로 하고 있다.