요단출판사는 침례교 교회진흥원(이사장 김창락 목사, 원장 이요섭 목사)에서 운영하고 있으며, 교회진흥원은 1953년 미국 남침례회 한국선교회의 선교가 시작된 이래 반세기를 넘는 동안 침례교회는 물론 한국교회와 함께 사역을 해왔다. 교회교육의 시스템 개발과 다양한 교재의 보급, 목회자와 평신도들의 영적 수요를 채우는 문서와 출판 사업으로 한국교회에 이바지하였다. 또한 교회의 선교, 목회, 교육활동에 관한 실제적인 연구와 프로그램과 자료의 개발 진흥 및 기독교 정보와 자료의 출판 그리고 도서와 용품의 보급과 기타 해당분야의 국내외간 협력과 교류증진을 통해 한국교회가 신약성서적 모범교회로 성장, 발전하여 그 사명과 역할을 다할 수 있도록 지원한다.