1844년 10월 15일 작센 주의 뤼첸 근처에 있는 뢰켄 마을에서 목사인 카를 루트비히 니체의 아들로 태어났다. 1849년 아버지가 죽자 나움부르크로 이사해, 할머니, 어머니, 그리고 두 고모 등 네 명의 여자들 틈에서 성장했다. 예술 특히 음악에 재능을 보였는데, 열 살 때 다성(多聲)의 무반주 악곡인 모테토를 작곡했을 뿐만 아니라 열다섯 편의 시를 쓰기도 했다. 1858년 옮긴 포르타의 김나지움에서는 구스타프 크루크, 빌헬름 핀더 등과 함께 예술·문학 동아리 ‘게르마니아’를 만들어 매월 한 번씩 각자 소논문을 발표하고, 낭만주의 작곡가들의 악보도 논했다. 니체는 횔덜린, 장 프리드리히 니체는 파울, 쇼펜하우어, 바그너 등 낭만주의자의 영향을 크게 받았다.

1864년 10월 본 대학교에 입학했으며, 예술사·교회사·신학·정치학 등에 관한 강의를 들었다. 김나지움에서 무엇보다도 고대 그리스어에서 탁월한 재능을 보였던 니체는 본 대학교에서는 고전언어학 강의를 들으며 두각을 나타냈다. 지도 교수 리츨을 따라 라이프치히 대학교로 옮긴 후 리츨의 권고로 소논문 두 편을 썼다. 1869년 리츨 교수는 니체에게 입시 박사 학위를 주선해 주고 스위스 바젤 대학교 고전언어학 교수 자리에 그를 추천했다. 그는 25세에 바젤 대학교 고전언어학 임시 교수로 채용되었고, 그다음 해인 1870년 정식 교수가 되었다.

1872년에는 첫 작품 『비극의 탄생』을, 1873년에는 『반시대적 고찰 I』을. 1878년에는 『인간적인 것, 너무나 인간적인 것 I』을 출판했다. 말년에 접어들어 『차라투스트라는 이렇게 말했다』, 『도덕의 계보학』, 『바그너의 경우』, 『이 사람을 보라』 등 많은 작품을 집필했다. 니체는 1889년 1월 3일 이탈리아의 토리노에서 발작을 일으킨 뒤부터 어머니와 함께 예나에서 거주했다. 어머니가 죽자 여동생 엘리자베트가 니체를 바이마르로 옮겼고, 그는 1900년 8월 25일 바이마르에서 죽었다.