성은 윤씨이고 휘는 선도이며, 자는 약이(約而)이다. 그의 선조는 호남 해남현 사람이다. 고조의 휘는 효정(孝貞)인데, 생원에 합격했지만 숨어 사는 것을 덕으로 여겨 벼슬하지 않았다. 호는 어초은(漁樵隱)이며, 호조참판에 추증되었다. 1612년 진사에 합격하였으나, 광해군의 정치가 어지러운 상황에서 상소를 올린 일로 서울에서 2천여 리나 떨어진 경원으로 유배를 당하게 된다. 그러나 북쪽 변방의 오랑캐와 통할 수도 있다는 이이첨의 말을 듣고 남쪽으로 유배지가 옮겨진다. 1623년 인조반정이 일어나자 금오랑으로 부름받았으나, 곧 파직되어 해남으로 돌아갔다. 1628년에는 봉림대군과 인평대군의 사부로 임명되었다. 1632년에는 호조좌랑으로 있다가 곧 공조정랑으로 다시 첨정으로 승진했으나 병 때문에 해남으로 돌아갔다. 다음해에는 관서지방 경시관이 되었다가 병으로 사퇴를 청하고 고향으로 돌아갔다. 1636년 병자호란 때는 종묘사직 · 원손 · 대군을 모시고 먼저 강화도로 향했으나 청나라와 화의가 이뤄졌다는 소식을 듣고 탐라도에 들어가 살려다가 보길도의 모습을 보고 그곳에 정착하여 부용동이라 이름 지은 격자봉 아래에 낙서재라 편액을 걸고 그곳에서 지내는 중, 호란 때 임금께 문안드리지 않았다는 죄목으로 영덕에 유배되었다. 1671년 낙서재에서 여든다섯의 나이로 세상을 마쳤다.