1903년 온천으로 유명한 노보리베쓰(登別)에서 태어났다. 조부 하에부토(Haebuto)는 지역의 호족이었으며, 부친 지리 다카요시(知里高吉)는 서양 교육을 받은 세련된 진보적 인물이었다. 모친 또한 명문 집안 태생으로 영국 전도학교에서 수학, 일본어와 일본 문물은 물론 영어 지식을 습득한 재원이었다. 지리 유키에는 유복한 가정에서 태어났으나 유전적 병인(病因)을 안고 있었던 탓에 살아가는 내내 심장병에 시달릴 수밖에 없었다. 성실함과 뛰어난 지적 능력으로 학교생활을 했으며 중학교 3학년 때에는 병으로 결석하는 일이 잦았으면서도 학급 반장으로 선출되기도 했다. 가족력인 심장병으로 고생을 하면서도 그녀는 아이누 신화를 로마자로 옮기고, 또 그것을 일본어로 바꾸는 작업을 계속하다가 요절했다. 다이쇼(大正) 11년, 1922년 9월 19일, 그녀의 나이 만 스물이 되던 해였다.