윤형욱은 1979년 경상북도 영덕에서 태어났다. 구룡포동부초등학교에서 국악교육을 위해 힘쓰시던 이석우 선생님을 담임으로 만나 장구, 단소, 대금, 피리 등의 악기를 접하게 되었고 일찍이 재능을 발견하여 국립국악중학교로 진학하게 된다. 진학 후 피리를 전공으로 선택하였으며 국립국악고등학교를 거쳐 한국예술종합학교 예술사 및 전문사를 졸업하고 고려대학교 문화컨텐츠학과 박사과정을 마쳤다.
정재국, 최경만, 한세현, 이건회에게 사사하였다.
현재 국립국악원 정악단 단원으로 재직 중이며, 한국예술종합학교 전통예술원 겸임교수로서 후학을 양성하는 데에 힘쓰고 있다. 또한 국가무형문화재 제46호 피리정악 및 대취타 이수자이며 제40회 난계국악경연대회에서 대통령상을 수상한바 있다.
정악, 산조, 창작곡 등 여러 분야에 두루 최고의 실력을 인정받아 음악의 경계를 넘나들며 다양한 연주활동을 하고 있으며 깊이 있는 중저음과 힘있는 상청을 자유자재로 넘나드는 세련된 연주력과 섬세한 감수성을 지닌 연주자로 인정받고 있다. 특히 탄탄한 호흡과 타고난 음악성을 바탕으로한 따뜻하면서도 힘있는 피리소리가 독보적이다.