기독교학교교육연구소는 교육의 본질과 방향을 제시하며, 현장의 필요에 응답하는 연구, 나눔과 성장이 있는 연수, 왜곡된 교육을 변혁하는 운동을 통해 하나님의 교육이 가득한 세상을 이루어갑니다.
이를 위해 기독교대안학교의 성장과 성숙, 기독교 사립학교의 회복과 갱신, 공교육에 기독교적 대안 제시, 교육 회복의 주체인 기독학부모 세우기, 가정과 학교를 연계하는 교회교육의 모색 등의 사역을 감당하고 있습니다.