1520년(중종 15) 3월 평안도 안주에서 태어난 청허스님은 성균관에서 3년 동안 글과 무예를 익혀 과거를 보았으나, 낙방을 하였다. 이후 친구들과 같이 지리산의 화엄사·칠불사 등을 구경하다가 영관대사靈觀大師의 설법을 듣고 불법佛法을 연구하기 시작하였다.

그곳에서 『전등傳燈』·『염송拈頌』·『화엄경』·『원각경』·『능엄경』·『유마경』·『반야경』·『법화경』 등의 깊은 교리를 탐구하던 중, 깨달은 바 있어 스스로 시를 짓고 삭발한 다음 숭인장로崇仁長老를 스승으로 모시고 출가하여 참선공부에만 전념하다가, 1549년(명종 4) 승과僧科에 급제하였으며, 대선大選을 거쳐 선교양종판사禪敎兩宗判事가 되었다. 그러나 ‘판사직이 승려의 본분이 아니다’하고는, 1556년에 자리에서 물러나 금강산·묘향산 등의 명산에서 후학들을 지도하였다.

1592년 임진왜란이 일어나자 선조는 평양을 거쳐 의주로 피난하면서 묘향산으로 사신을 보내 휴정을 불렀다. 이에 휴정은 전국에 격문을 돌려서 각처의 승려들이 구국에 앞장서도록 하자, 제자 처영은 궐기하여 권율의 휘하에서, 유정은 금강산에서 1,000여 명의 승군을 모아 평양으로 왔으며, 대사는 문도 1,500명을 통솔하여, 명나라 군사와 함께 평양을 탈환하였다. 선조가 무사히 서울로 귀환하자 승군장의 직을 그만두고 묘향산 등 여러 곳을 순력하다가, 1604년 1월 묘향산 원적암圓寂庵에서 가부좌하여 앉은 채로 입적하였다.

서산대사 휴정은 단연 조선시대 최고의 고승으로 추앙받았으며, 『선가귀감』 외에도 『청허당집』·『선교결』·『심법요초』 등의 저서가 전해지고 있다.