1923년 도쿄에서 태어나 12세 때 세례를 받았다. 게이오 대학 불문학과를 졸업한 후 현대 가톨릭 문학을 공부하기 위해 프랑스로 유학을 떠났으나 결핵으로 인해 2년 반 만에 귀국한 뒤, 본격적인 작가 활동을 시작했다. 대표작으로는 《침묵》, 《그리스도의 탄생》, 《내가 버린 여자》, 《깊은 강》 등 다수가 있으며 《바다와 독약》으로 신쵸샤 문학상과 마이니치 출판 문화상을 수상하였다. 1996년 9월 29일 타계, 도쿄 후추시 가톨릭 묘지에 잠들어 있다. 엔도 슈사쿠는 자신의 작품에서 다신성을 지닌 동양적 정서 안에서의 그리스도교 토착화 문제 및 인간의 죄와 악의 문제를 심도 있게 다루고 있다.