1926년 황해도 벽성군 고산면 원평리 임정동에서 태어났다. 어릴 때부터 소리를 좋아하고 잘해 학교와 동네에서 ‘베토벤’으로 불렸다. 10대 초반 우연히 산홍 선생을 만나면서 서도소리를 배우기 시작했다. 광복 후 평양에서 이정근 선생과 서원준 선생에게 서도소리를 배웠다.

가족과 헤어지고 홀로 남으로 내려와 온갖 고생을 하면서 전투경찰이 되어 6.25전쟁을 겪었다. 그 후 서울 문리 사범대학 국어과를 졸업하고 국어교사가 되어 국공립 중고등학교에서 36년간 봉직했다. 명지대학교 국문과에 편입하여 졸업했다. 퇴직하면서 문교부장관상을 수상했다.

교사생활을 하면서도 서도소리에 대한 집념으로 서도소리를 정리하고, 서도소리와 남도소리, 정가, 경기민요 등을 배웠다. 서울에서 최경명, 이반도화 선생께 사사했고, 남원에서 진평섭 선생께 남도민요를 사사했다. 이후 이양교 선생께 정가를 사사했다. 퇴직 후 목원대학교 및 한국교원대학교 대학원에서 학생들을 가르쳤고, 서도소리 제자를 길러냈다.

1992년 국민훈장 석류장을, 2018년 옥관문화훈장을 받았다. 30년간 수십 차례의 서도소리 개인발표회를 했고, 각종 국악공연에서 서도소리를 알렸으며, 국악경연 심사위원으로 활동했다. 《경·서도소리 가사선집》 《서도소리 가사집》 《전통서도소리 명곡대전》을 펴냈으며, 〈박기종 西道소리_서도민요전집(CD 총8매)〉을 발매했다.