툴루즈 대학과 몽펠리에 대학의 의학부를 차례로 거쳐, 의사로서의 성공을 위해 파리로 상경했다. 이삼십대 중반에 파리에 올라온 그는 수학을 좋아했고, 또 파리의 궁핍한 생활을 수학 과외로 견뎌냈다. 스코틀랜드 출신의 의사이자 질병분류학자였던 윌리엄 컬런을 만나서 우정을 쌓았던 것도 이 시기였다.

몽펠리에 대학 의학부 교수로 있었던 의사이자 식물학자 부아시에 드 소바주(Boissier de Sauvages)의 질병분류학(la Nosologie)을 깊이 공부했던 피넬은 스승의 분류법의 오류를 정정하여 1798년에 그의 주저 『철학적 질병분류학, 혹은 의학에 적용된 분석의 방법Nosographie philosophique, ou la methode de l’analyse appliquee a la medecine』을 두 권으로 출판했다. 그리고 2년 후인 1800년에 비세트르 구제원의 수석의사로 일했던 경험을 바탕으로 본서 『정신이상 혹은 조광증의 의학철학 논고』의 초판을 출간한다. 다시 2년 후 출간한 『분석의 방법을 통해 더욱 정확해지고 더욱 간명해진 임상의학: 살페트리에르에서 수행한 급성질환의 관찰 모음과 결과La medecine clinique rendue plus precise et plus exacte par l’application de l’analyse: recueil et resultat d’observations sur les maladies aigues, faites a la Salpetriere』는 앞의 두 저작과 함께 피넬의 3대 저작으로 높이 평가받는다.