1818년, 미국 뉴햄프셔주 벨크냅카운티 메러디스에서 침례교회의 설교자이자 찬송가 작곡가였던 아버지 엘더 모세 체니와 어머니 아비게일 레빗 사이에서 맏이로 태어났다. 일찍이 형제들과 함께 교회 합창단원으로 활동하면서 이름을 널리 알렸고, 1847년에 크리스티아나 반스와 결혼한 뒤 버몬트주 도셋으로 옮겨 성가대 지휘자이자 성악 교사로 일하면서 평생 음악과 함께했다. 1879년에 『미국의 노래』를 출간했으며, 말년인 1885년부터는 새소리를 악보로 기록하는 실험적인 작업에 착수했다. 그러나 1890년에 음악 업무차 보스턴에 갔다가 악천후로 인해 폐렴에 걸려 사망하면서 그의 작업도 중단되고 말았다. 아버지의 바람은 맏이인 존 반스 체니가 물려받았다. 존은 아버지의 원고를 편집하여 마침내 1892년에 『야생 숲의 노트』라는 이름으로 출간했다. 유례를 찾아볼 수 없는 이 독특한 책은 안토닌 드보르자크, 모리스 라벨, 올리비에 메시앙 등 음악인들뿐만 아니라 현대 작가인 파스칼 키냐르에게도 많은 영향을 끼쳤다.