종교문제연구소는 ‘한국을 위시한 동북아 및 세계 각 민족의 종교문화에 관한 현상을 조사·연구함으로써 종교에 대한 바른 이해와 바람직한 정신문화 창조를 모색’하기 위한 목적으로 설립되었다. 본 연구소는 『한국신종교 실태조사보고서』, 『한중일삼국 신종교실태의 비교연구』, 『근·현대문화유산 종교(민족종교)분야 목록화 조사연구 보고서』(문화재청, 2016) 등 살아있는 종교현장에 대한 보고서를 지속적으로 발간하였고, 다양한 한국종교 관련 연구사업을 진행함으로써 그 연구성과를 ‘한국종교연구총서’로 발간함과 동시에 지식지도의 형태로 다가올 미래사회에 대한 학문의 디지털 작업 역시 중점을 두었다. 또한 본 연구소 설립 이후 『한국종교』 학술지 발간(2020년 48집 발간, 등재후보학술지)를 이어왔다. 53년의 역사를 만들어 온 종교문제연구소는 이러한 연구성과를 통해서 우리 앞에 놓인 지구화시대를 맞이하여 한국과 동아시아를 넘어 세계 속의 종교와 사상, 그리고 그 평화적 역할을 모색하는 중심 센터로 발돋움하고자 한다.