1989년 10월 5일 서울대학교 인문대학 부설 연구소로 설립된 서울대학교 종교문제연구소는 2001년 9월 인문학연구원에 통합되어 연구원 소속 연구소로 자리매김하게 되었다. 종교학 여러 분야의 이론적 연구를 바탕으로 한국의 종교문화를 입체적으로 조망하고, 새로운 시대에 요구되는 종교문화 육성과 이해를 도모하기 위해 노력하고 있다. 학술지 『종교와 문화』를 연 2회 발간하고 있으며, 매년 저명학자 초청 강연이나 국제학술대회 등 다양한 행사도 개최하고 있다.