국내외 학회에서 내로라하는 소화기 중재술 분야의 최고 전문가. 췌장암 및 담도암의 가장 중요한 합병증인 황달을 치료하면서 동시에 항암치료를 하는 항암제 방출 금속배액관을 세계 최초로 개발했다.
1984년 연세대학교 의과대학을 졸업하고 동 대학원에서 석사 및 박사 학위를 받았다. 현재 연세대학교 의과대학 내과학교실 교수로 재직하면서 강남세브란스병원 소화기내과 과장, 내과 부장 및 암전문병원 원장을 맡고 있다. 전문 진료 분야는 췌장암·담도암 질환의 내시경 중재술(인터벤션) 및 항암약물치료다.
대한소화기내시경학회 학술이사를 세 차례나 역임할 정도로 국내 소화기 치료내시경 분야에서 탁월한 학술 연구 및 발전을 이끈 업적을 인정받고 있는 이동기 교수는 국내 의학자가 주축이 된 국제소화기인터벤션학회(SGI)의 창립을 주도했다. 대한내과학회 총무이사, 한국의료기기학회 회장과 대한소화기학회 이사장을 역임했으며 일본담도학회 정회원, 미국소화기내시경학회 국제편집이사와 대한의학한림원 정회원으로도 활동 중이다.