1886년 10월 3일에 교원이었던 부모의 장남으로 프랑스 중부 솔로뉴 지방에 있는 세르 현의 라샤페르 단존에서 태어났다.
1898년 10월, 12세가 된 앙리는 파리의리세 볼테르 학교 제6년급에 입학, 해군에 들어가겠다는 꿈을 안고 1901년에 부르타뉴의 브레스트에 가서 해군병학교에 들어갈 준비를 한다. 그러나 브레스트의 생활은 고독하고 엄하여 1902년에는 해군병학교를 포기하고 이듬해 1월에 파리의 리세 앙리 4세 학교로 들어가다가, 다시 부르제의 리셀로 옮겨 거기서 바카로레아에 합격한다.
1903년 10월에 앙리는 파리의 남쪽 교외인 소에 있는 리세 라카나르의 카뉴에 들어가 평생의 벗인 자크 리비에르를 만난다.
1905년 6월 1일, 앙리는 파리의 그랑 파레 입구에서 아름다운 여성을 만나 첫눈에 사랑하게 된다. 이 여성이 이본느 드 키에부르크르로서 작품에 나오는 모느와 이본느 드 가레의 사랑은 이 만남을 그대로 묘사한 것이다. 다만 모느의 경우와는 달리 앙리의 사랑은 열매를 맺지 못했다.

1907년 8월, 군대에 입대하여 1909년 4월에는 미란도의 제88연대에 배속된다. 그 동안에 『만남, 그리고 지울 수 없는 사랑』의 원형이 되는 몇몇 텍스트와... 시를 쓰고, 1907년에는 『여자의 신체』라는 산문을 알랭 푸르니에라는필명으로 '그랑드 르비에' 잡지 제45권에 발표한다.
1911년 12월부터 여배우 시몬느의 남편 클로드 카지미르 페리에의 비서가 된다. 이 무렵부터 『만남, 그리고 지울 수 없는 사랑』의 집필이 착착 진행되어 1913년에 'NRF'의 55~59호(7월호~11월호)에 연재되고 12월에는 에밀 폴 형제 서점에서 간행되었다.
이 처녀작은 크게 호평을 받아 콩쿠르 상의 유력한 후보의 하나로 꼽혔으나, 심사 위원회는 이 책과 레온 베르트의 『흰 집』중에서 어느 것을 선발할 지 장시간에 결쳐 격론을 벌였으나 결론을 내리지 못하고 전혀 다른 작품이 수상했다. 알랭 푸르니에 자신은 이에 앞서 '나는 상도 돈도 필요하지 않다. 다만 이 책이 읽히기만을 원한다'는 글을 리비에르에게 보냈다.

『만남, 그리고 지울 수 없는 사랑』의 간행은 제1차 세계대전이 발발하기 전후의 일이었다. 1914년에 그는 소집에 응하여 미란도에 가서 제288연대에 육군 중위로 합류했다. 연대는 9월 1일부터 전투에 들어가, 앙리는 9월 22일에 오드 무즈에서 27세의 나이로 전사했다. 유해는 이때 발견되지 않고 독일군에 의해 매장된 공동 묘지에서 1977년경 전우 10명의 유해와 함께 발견되었다.