1918년 6월 1일 만주 북간도에서 문재린 목사와 김신묵 권사의 맏아들로 태어났다. 1944년 박용길 장로와 결혼했다. 한국신학대학을 졸업하고 목사 안수를 받은 후 미국 프린스턴 신학교에서 공부했다. 1955년부터 한국신학대학 교수, 한빛교회 목사로 활동하였다. 1968년부터 신구교 공동 구약 번역책임위원으로 있으면서 성서를 쉽고 아름다운 우리말로 번역하였고, 그 과정에서 시인이 되었다.

1976년 ‘3.1 민주구국선언’ 사건으로 옥고를 치르면서 민주화운동에 뛰어들었다. 1989년 평양을 방문해 ‘4.2 남북 공동성명’ 합의를 이끌어 냈으며, 이는 2000년 ‘6.15 남북공동선언’의 기초가 되었다. 민주통일민중운동연합(민통련) 의장, 조국통일범민족연합 남측 본부 준비위원장 등을 지냈으며, 1992년 노벨평화상 후보로 추천되었다. 1976년 첫 구속 이후 여섯 차례에 걸쳐 11년 넘게 옥고를 치르며 민주화와 통일운동에 헌신하였으며, 특히 어려운 이웃들의 아픔을 함께했다. 1994년 1월 18일 꿈에도 그리던 통일을 보지 못하고 운명하였다.

저서로는 시집 『새삼스런 하루』 『꿈을 비는 마음』 『난 뒤로 물러설 자리가 없어요』 『두 하늘 한 하늘』 『옥중일기』와 옥중 서한집 『꿈이 오는 새벽녘』 『목메는 강산 가슴에 곱게 수놓으며』, 민중 신학서 『히브리 민중사』 등이 있다.