벨기에 브뤼셀의 의사 집안에서 태어나 뤼뱅Louvain에서 공부하였다. 1533년 의사가 되기 위해 파리대학교에 진학, 실비우스Jacobus Sylvius(1478~1555) 등에게서 갈레노스 해부학을 배웠고 1537년 파도바Padova대학교의 의사(M.D.)가 되었다. 그 후 직접 인체를 해부하면서 그림으로 그려 《사람 몸의 구조에 관하여De Humani Corporis Fabrica Libri Septem》(약칭 《파브리카》)와 《에피톰De Humani Corporis Librorum Epitome》을 출판하였다.
베살리우스는 시신을 직접 해부하면서 강의하고 그림으로 남김으로써 기존에 있던 인체의 개념을 완전히 뒤바꿔 놓은 근대 해부학의 아버지이다. 해부학 강의에 교보재로 사용하기 위해 그린 《사람 몸의 구조에 관하여》는 베살리우스 이후 의학의 미래를 완전히 바꾸어 놓은 것으로 평가받는 과학 문명의 성과물이다.