팔레스타인 알 잘릴(갈릴리, 팔레스타인의 북부 지방)의 알 샤자라 마을에서 태어났다. 1948년 ‘나크바’(‘재앙’이라는 뜻으로, 이스라엘 건국으로 인해 팔레스타인인들이 쫓겨난 일)가 닥쳤을 때 알 알리는 많은 팔레스타인 사람들과 함께 레바논 남부 아인 알 헬웨의 난민촌으로 이주했고, 그곳에서 자랐다. 1961년 팔레스타인 작가이며 정치 활동가인 가산 카나파니Ghassan Kanafani가 알 알리의 예술적 재능을 알아보고, 그의 작품 세 점을 팔레스타인 정론지 《알 후리야al-Hurriyya》를 통해 소개했다. 2년 후, 알 알리는 쿠웨이트로 이주해 11년 동안 여러 신문에 만평을 그렸다. 그가 창조해 낸 유명한 등장인물, 세상을 감시하는 소년 한잘라는 1969년에 처음 탄생했다.
헝겊을 덧댄 누더기 옷을 입은 난민 소년의 눈을 통해 알 알리는 이스라엘 점령군의 잔혹성과, 부패하고 사리사욕을 탐하는 중동 지역의 정권들을 비판하는 동시에, 팔레스타인 사람들의 고통과 저항을 세상에 알렸다. 어떤 정치조직에도 가담하지 않고 독자적으로 활동한 알 알리는 아랍 민중을 대변하려고 애썼다. 적나라하면서도 상징적인 만평에 신랄한 풍자를 담아냄으로써 그는 팔레스타인을 비롯한 아랍 세계 전역에서 많은 존경을 받았지만, 동시에 많은 적을 만들기도 했다.
1974년 나지 알 알리는 쿠웨이트에서 레바논으로 돌아가 내전과 1982년 이스라엘 침략을 직접 겪었다. 쿠웨이트로 다시 돌아간 알 알리는 일간지 《알 카바스al-Qabas》에서 일했지만 끊임없이 당국의 검열에 시달렸고, 결국 추방당하고 말았다. 그 후 런던에 정착해서 《알 카바스》 국제판에 만평을 계속 연재했다. 1987년 7월 22일, 알 알리는 이 신문사의 첼시 사무소 인근에서 지금도 밝혀지지 않은 누군가에게서 총격을 당하고, 5주 후에 세상을 떠났다. 사후에 국제신문발행인협회FIEJ의 언론자유상Golden Pen of Freedom을 수상했다.