서울에서 태어나 홍익대학교와 고려대학교 교육대학원에서 국어교육을 공부했다. 1998년, 고등학교 국어교사로 부임한 후 17년 동안 교직에 몸담았다. 현재는 교육연구사로 교육부 대변인실에 재직 중이다. 저서로는 〈NEW 서울대 선정 인문고전 60선〉 중 《정약용 목민심서》, 《최제우 동경대전》, 《쑨원 삼민주의》, 〈세계 석학이 뽑은 만화 세계대역사 50사건〉 중 《마오쩌둥과 중국 공산당》 등이 있다.
1993년에 《아이큐점프》에 〈백록화〉를 연재하며 만화계에 입문했다. 주요 작품으로는 《대륙전사》, 《초시공전사 넥스트》, 《쥬피터 블루스》, 《가방 들어주는 아이》, 〈이어령의 교과서 넘나들기〉중 《아인슈타인》, 〈서울대 선정 만화 인문고전 60선〉중 《일연 삼국유사》,《알렉산드로스 대왕과 헬레니즘》, 《이이 성학집요》 가 있으며 이 외에도 《수내천의 제왕, 삵》, 《파랑새를 찾아서》 등이 있다.
서울대학교에서 지구과학을 공부했다. 중·고등학교 과학 교사로 근무했으며, 중학교 과학 교과서와 교사용 지도서를 집필했다. 그동안 『청소년을 위한 서양 과학사』, 『엉뚱한 생각 속에 과학이 쏙쏙』, 『손영운의 우리 땅 과학 답사기』 등을 펴내, 과학창의재단의 우수 과학 도서로 선정되었다. 기획한 책으로 『서울대 선정 만화 인문고전 60선』, 『이어령의 교과서 넘나들기』, 『닮고 싶은 창의융합 인재』 등이 있으며 지금은 지역 신문에 「손영운의 과학 이야기」를 기고하는 과학 칼럼니스트이면서, 청소년을 위한 과학 관련 책들을 쓰는 과학 작가로 활동하고 있다.