현재 반포에서 김종주신경정신과의원을 개원하여 진료하면서 라깡정신분석연구소·라깡분석치료연구소를 운영하고 있음. 반포클리닉에서 토요일마다 <라깡독회>를 열고 있으며 매월 1주·3주 토요일에는 동료들과 함께 라깡분석치료에 관하여 공부하며, 제2주·4주에는 라깡의 『에크리』와 『세미나』를 읽어가고 있음.

라깡 정신분석에 관한 역저서: 『라깡 정신분석 사전』(에반스: 12명의 공역), 『라깡과 프로이트의 임상정신분석』(노버스), 『라깡과 언어와 철학』(그릭: 김아영과 공역), 『라깡 정신분석 테크닉』(핑크), 『환상의 돌림병』(지젝), 『실재계 사막으로의 환대』(지젝), 『라깡 정신치료』(마이클 밀러), 『라깡과 자아심리학』(스미스), 『라깡 정신분석 핵심용어』(글로윈스키 등). 듀크대학교에서 출판한 SIC 시리즈 1권(『사랑의 대상으로서 시선과 목소리』) 2권(『코기토와 무의식』) 3권(『성화』).

문학에 관한 역저서: 『라깡 정신분석과 문학평론』(하나의학사), 『이청준과 라깡』(인간사랑), 『무의식의 시학』(엘리자베스 라이트: 김아영과의 공역, 인간사랑).