1권에서 잠시 착한 아이들로 변모했던 브라운 씨네 아이들이지만, 어느새 다시 제멋대로에 못말릴 말썽꾸러기로 돌아가 버렸다. 거기에 새로이 십여 명의 아이들이 가세했는데, 이 아이들 역시 둘째 가라면 서러워할 말썽쟁이들이라 브라운 씨네 집은 더 정신없는 전쟁터가 되어 버린다. 공부하기 싫어하는 것은 기본, 모든 규칙과 제약을 깨뜨리며 기상천외한 장난을 치는 아이들에게 당할 사람은 아무도 없다.

그런 아이들이 왕고모 댁에 머물게 되어 도시로 나간다. 왕고모 댁에 도착하자마자 온갖 장난 칠 궁리를 하는 아이들. 결국 도착한 즉시 왕고모 댁의 가정교사를 해고하게 만든다. 그리고 그때 가정교사를 돕기 위해 나타난 사람이 있는데, 그 사람은 다름 아닌 마틸다. 이제 이야기는 그 누구도 상상할 수 없는 방향으로 흘러간다.