서시2000년, 남극에 거대한 운석이 추락, 유사이례 미증유의 재난 ‘세컨드 임팩트’가 일너난다. 실제로는 아담과 제2사도의 접촉으로 일어난 것이었으나 이를 숨기기 위한 제레(비밀집단)의 정보 조작으로 운석이 추락했다고 처리된 것이다.
해수면의 상승, 천재지변, 경제붕괴, 민족분쟁, 내란..., 이로 인해 세계 인구는 반으로 격감한다. 그 사이에 위치를 알수 없는 어느 한 곳에세는 생체병기를 만들기 위한 E계획이 한창 진행되고 있었다.
E계획의 주축은 세컨드 임택트 후에 살아남았던 이카리 겐도, 이카리 유이와 아카기 나오코, 그 후에 겐도의 권유로 새로 들어온 겐도와 유이의 학창시절 대학교수 후유츠키 코조였다.
그후 15년, 지구가 겨우 회복의 기미를 보이기 시작할 무렵 인류에겐 또 다른위기가 닥쳐온다.
그것이 바로 사도였다.
하나씩 모습을 드러내는 정체불명의 거대전투병기 군단, 과연 그들은 신의 사자인가?
예언되었던 사도의 출현에 대항하기 위해 인류는 E계획으로 인해 만들어진 전천후 생체 전투병기 ‘에반게리온’을 개발, 2015년에는 3대의 에바0호기, 에바1호기, 에바2호기를 실용화하는데...