2차 세계대전에서 수세에 몰린 나치는 지옥의 악마를 소환하여 전세를 역전시킬 음모를 꾸미고 초자연적 힘을 지닌 러시아의 흑마술사 그리고리 라스푸틴을 고용하여 작전을 감행한다. 혼돈의 지옥신 오그드루 자하드가 깨어나고 지옥의 문이 열리려는 순간, 미리 정보를 입수한 연합군이 가까스로 저지한다. 간발의 차이로 지옥에서 불려온 악마 헬보이(론 펄만)는 루스벨트 대통령의 고문이자 ‘초현상 조사 방어국(Bureau of Paranormal Research & Defence)’의 설립자 브룸 교수에게 인도되어 양서인간 에이브 사피엔(더그 존스), 염화력자 리즈 셔먼(셀마 블레어)과 함께 성장한다. 한편 어둠 저편으로 추방되었던 라스푸틴은 60년 만에 추종세력에 의해 부활한다. 지옥의 문을 다시 열기 위해서는 헬보이의 파워가 반드시 필요한 라스푸틴은 리즈를 향한 그의 사랑을 간파하게 된다. 이에 리즈의 목숨을 볼모로 헬보이에게 악마로서의 각성과 파괴신으로서의 재림을 강요하는데...