이 책은 크게 3개의 영역으로 이루어졌다.
(1) 제1장: 보고서가 왜곡될 수밖에 없었던 근원적인 원인이 특별법에 있으므로, 이 특별법의 문제점과 그 법에 의해 설치된 위원회와 보고서 작성기획단의 조직 구성원의 편향성을 밝히고, 이러한 조직과 인적 자원으로는 사건의 진상을 밝힐 수 없음을 논의했다.
(2) 제2장: 보고서 내용의 오류에 대한 비판
* 자료 선택과 분석 이해의 문제, 집필자의 관점의 혼란과 그 원인
* 3.1사건에 대한 왜곡==남로당의 세력화를 위한 정치집회,
* 4.3사건의 발발 동기와 목적에 대한 오류==남로당의 반란을 주민이 정당한 저항으로
* 무장대와 9연대 간의 평화협상의 허구==1차 자료를 무시하고 김익렬의 회고록에 의지해서 사실을 왜곡해서 허구를 만듦
* 미 군정에 대한 편향적 입장과 책임론=반미적 관점을 전제로 집필
* 진압 작전에 대한 편향성==정부의 공권력에 대한 진압작전의 의미를 부정, 사실의 많은 부분을 과장 왜곡
* 피해상황에 대한 이해의 편향성 등

제3장: 4.3사건을 이해할 수 있는 자료=남로당의 자료, 인민유격대의 자료. 4.3사건 일지 등

제4장: 보고서 채택 과정을 밝혀주는 자료: 심의 회의록 일부. 위원으로 활동하던 인사의 사퇴의 변. 보고서가 “정치문서”가 될 수밖에 없었던 과정

제5장: 4.3사건의 비극을 극복하는 방법과 보고서를 보완할 수 있는 방법. 왜곡된 보고서를 보완하여 역사적 실체를 복원할 수 있는 방안 제시.

(3) 결론
*보고서는 대한민국정부 수립을 거부하기 위해 남로당이 일으킨 반란임에도, 그 원인과 동기와 과정을 외면하고, 미 군정과 대한민국 정부가 공권력을 동원하여 진압하는 과정에서 벌어진 반인권적 사태만을 문제 삼아, 오히려 반란의 정당성을 암묵적으로 묵인하는 방향으로 집필되었다.
* 보고서는 사건의 진상을 밝혀주는 1차 자료를 외면하고, 피해 보고서의 수준으로 피해자의 증언에 의해 “기억의 역사”를 만들어내었다. 이것은 애초부터 4.3사건을 정치적인 의도에 의해 이해하여, 그 진상보고서의 큰 틀이 마련되어 있었고, 이 틀에 의해서 보고서 작성을 충실히 수행할 인사들을 동원하여 집필한 결과였다.


필자의 4.3사건에 대한 입장
“진압 과정에서 나타난 반인권적인 사례 때문에 자유민주주의 국가 건설을 거부하려는 그 반란의 목적을 정당화할 수 없다. 사건이 반국가적인 반란이라 하더라도 이를 진압하는 과정에서 야기된 반인권적인 사례 또한 정당화할 수 없다”