15살의 과학기술고생 피터 파커(톰 홀랜드)는 토니 스타크(로버트 다우니 주니어)에게 발탁되어 대단한 활약을 펼친 이후, 다음 임무에 대한 기대감을 안고 하루하루를 보낸다. 토니 스타크는 위험한 일은 하지 말라며 조언하지만, 정의감과 의욕이 넘치는 피터 파커는 주변에 작은 도움을 주는 ‘다정한 이웃’ 역할에 만족하지 못한다. 한편 어벤져스 군단과 외계 세력의 전투 현장에서 폐기물을 수거하는 툼스(마이클 키튼)는, 전재산을 투자한 그 사업이 토니 스타크가 공동 설립한 준정부 기관 ‘데미지 컨트롤부’로 넘어가면서 치명적인 타격을 받는다. 이에 앙심을 품은 툼스는 몰래 훔쳐낸 외계 물질들을 무기로 개조해 암시장에서 거래하는 한편 윙슈트로 무장한 악당 ‘벌처’로 거듭난다. 우연히 툼스 일당의 거래 현장을 목격하면서 벌처의 존재를 알게 된 피터 파커는 홀로 거대한 적에 맞서기로 하는데…