5년 전 타노스에 의해 소멸됐던 사람들이 어벤져스의 활약으로 동시에 돌아왔지만 세상은 아직 어지러운 상황이다.
스파이더맨 피터 파커(톰 홀랜드)는 토니 스타크를 잃은 상실감을 딛고 일상으로 돌아가려고 한다.
때마침 친구들과 유럽으로 과학 현장학습을 떠나게 된 피터 파커는 MJ(젠다야)에게 멋지게 고백할 계획을 세우지만,
첫 번째 여행지인 베니스에서 닉 퓨리(사무엘 L. 잭슨)의 호출을 받는다. 공기, 물, 불, 흙에서 만들어진
가공할 빌런 ‘엘리멘탈’이 전세계를 위협하기 시작한 것이다. 피터 파커는 다른 지구에서 엘리멘탈과 싸웠던
미스테리오(제이크 질렌할)와 힘을 모아 최강의 불 괴물을 처치한다. 이후 미스테리오가 아이언맨을 잇는 히어로라고
확신하게 된 피터 파커는, 토니 스타크가 자신에게 남긴 ‘이디스’를 기꺼이 넘겨준다.
계획대로 이디스를 확보한 미스테리오는 곧바로 사악한 본색을 드러내는데…