이야기는 클라라의 일기로 시작한다. 델 바예 가문의 막내딸로 태어난 클라라는 어린 시절부터 예지 능력이 있었는데, 언니 로사의 죽음을 예언한 뒤로 죄책감에 사로잡혀 벙어리로 지낸다. 열아홉 번째 생일이 되는 날에서야 입을 연 클라라는 자신이 로사 언니의 약혼자였던 에스테반 트루에바와 결혼하게 될 거라고 예언한다. 이 예언대로 한동안 실의에 빠져 있던 에스테반은 자신의 농장에 정열을 바쳐 부를 축적하고, 클라라에게 청혼하기에 이른다. 둘은 행복한 미래를 가꿔 나가는 듯하지만, 본래 성격이 거칠었던 에스테반이 하나밖에 없는 친누이인 페룰라를 매정하게 집에서 내몰고, 가혹한 농장 지주이자 극우 보수당 의원으로 이름을 떨치면서 점차 클라라와 사이가 멀어진다. 딸 블랑카가 소작인의 아들이자 사회주의자인 페드로 테르세로와 사랑에 빠져 임신한 것을 알게 된 에스테반은 강제로 프랑스 백작과 결혼시킨다. 페드로 테르세로는 에스테반을 피해 도망 다니다 붙잡혀 그에게 손가락 세 개를 잘리는 사고를 당한다. 블랑카는 프랑스 백작의 변태적인 성적 취향을 알게 된 후 집으로 도망쳐 와 그곳에서 딸 알바를 낳는다. 세월이 흘러 블랑카는 국민적인 가수가 된 페드로 테르세로와 재회하고, 알바는 자라나 대학생이 되어 급진적인 학교 대표 미겔과 사귀면서 학생 운동에 관여하게 된다. 한편 에스테반은 클라라가 죽은 뒤 보수당이 선거에서 패배하여 좌파 연합 정권이 들어서자 사보타주 등을 꾸미며 정권을 교체하려는 계획을 세운다. 그러나 예상과는 달리 군부 세력이 쿠데타를 일으켜 정부를 뒤엎고, 알바가 애인인 미겔을 이유로 군부에 끌려간 뒤에야 에스테반은 자신의 생각이 잘못되었음을 깨닫는다. 에스테반이 결혼 전 농장의 인디오 처녀를 강간해 태어난 아이의 아들인 에스테반 가르시아는 오랫동안 트루에바 가문에 대한 보복심을 간직하고 있다가 특수 경찰이 되어 알바를 폭행하고 강간하는 등 모질게 심문한다. 이제 나이가 들어 손녀 알바에게 아무런 힘이 돼주지 못한 에스테반은, 한때는 시골 창녀에 불과했으나 이제는 정부 관료를 좌지우지하게 된 트란시토 소토에게 도움을 청한다. 마침내 알바가 석방되자 에스테반은 손녀 앞에서 그간의 모든 죄를 뉘우치며, 고향으로 돌아와 생을 마감하여 클라라 곁으로 간다. 그리고 알바는 가문의 지나간 이야기를 기록하기 위해 클라라의 일기를 펼친다.

피와 고통으로 얼룩진 라틴 아메리카의 역사를 감싸 안는 화해와 관용의 메시지

'영혼의 집'에 등장하는 성폭력을 당한 여자아이와 부정적으로 그려지는 아버지, 수동적인 남성형과 능동적인 여성형, 독재 정권에 저항하는 사회 운동과 여성해방 운동 등은 이사벨 아옌데의 자전적인 면이 강하다. 하지만 그 혹독하고 잔인한 현실을 있는 그대로가 아닌, 신비로운 분위기의 환상과 결부시켜 업(業)의 고리로, 역사의 반복으로 설명하고자 한 점은 문학 작품으로서 '영혼의 집'이 지니는 무게감을 설명해 준다.