한국NGO에 대한 비판은 내부의 모순과 한계를 지적하는 점이 있지만, 비판 자체에 여러 가지 모순을 지니고 있다. 이상 제기한 비판은 다음과 같은 문제를 안고 있다. 첫째, NGO에 대한 이해가 부족하다. NGO는 그야말로 다양한 가치를 지향하는 시민사회의 자발적 결사체이다. 따라서 여러 가지 목표를 추구할 뿐만 아니라 추구하는 방식이나 전략 또한 다양하다. 정부개혁을 지향하는 단체도 있고, 전문가 중심으로 운영되는 단체도 있으며, 담론생산에 초점을 두는 단체도 있다. 따라서 일률적으로 NGO가 풀뿌리조직화, 전문성, 대안능력 등을 가져야 한다고 강요해서는 안 된다. 둘째, 한국 시민사회 발전의 역사성에 대한 이해가 부족하다. 한국 시민사회는 1987년 이후 시민의식과 시민참여가 부족한 상태에서 선구자들의 의지와 노력에 의해 발전되어왔다. 특히 6월항쟁 이후에도 민주주의가 제대로 정착되지 않은 상태에서 정치지향적, 중앙집중적, 국내지향적, 백화점식 조직화로 나타날 수밖에 없었다. 셋째, 비교론적 관점이 부족하다. 정부 및 기업에 상대하여 NGO는 순수성과 도덕성을 유지해야 한다고 주장하지만, 한국사회의 민주주의와 시민문화 수준이 낮은 상태에서 시민사회의 정당성 또한 한계를 가질 수밖에 없다. 한국과 개인소득이나 시민사회의 역사가 비슷한 수준에 있는 국가와 비교할 때 한국NGO는 결코 덜 성숙된 것이 아니다. 넷째, 비판의 객관성이 부족하다. NGO가 영향력을 강화하고 권력의 재구조화가 일어나는 과정에서, 각종 집단들은 자신의 권력을 유지하기 위해 NGO를 비판하는 경향이 있다. 특히 2000년 총선시민연대의 활동, 2001년 본격화된 언론개혁활동 이후에 NGO에 대한 비판이 강화되었고, 정권의 홍위병, 신관변단체 등은 자기편의적 비판의 성격을 잘 보여준다.