시도 요한이 본서를 기록한 의도는 ‘예수께서 하나님의 아들 그리스도이심을 믿게 하려 함이라’(요 20:31)는 말씀 가운데서 분명히 나타나고 있다. 사도 요한이 에베소에서 본서를 기록할 당시 소아시아 일대에는 영지주의가 만연해 있었다. 이는 헬라 철학과 동양의 이교 사상, 애굽과 인도, 페르시아의 이원론적 우주론에 유대교까지 가미된 그야말로 혼합주의적인 종교였다. 심지어는 이 사상에 기독교적 색채까지 가미되어 새로운 종교체계를 갖추고 있었다. 그래서 이들은 영은 선하고 물질은 악하다 하여 영과 육신을 분리하는 이원론을 주장하였고 예수 그리스도 역시 신으로서의 존재는 인정하지만 성육신 자체는 부인하였다. 이런 사조로 인해 당시 교회들은 많은 혼란에 사로잡혀 있었다. 이런 배경에서 사도요한은 본서를 통해 예수 그리스도의 신성과 인성을 분명하게 가르치고 동시에 예수님이 하나님의 아들이요 그리스도이심을 증거하여 성도들로 하여금 이단 사설에 미혹되지 않고 영생을 얻게 하기 위해 본서를 기록하게 되었다.