『공정 드래곤즈』는 포룡선 퀸 자자호의 용잡이가 하늘에서 살아가는 용을 사냥하고 요리하고 섭취하는 과정을 그리고 있다. 이렇게 다양한 용과 만나며 그들은 다른 존재와 어떻게 관계 맺으며 살아갈지 고민한다.

잡은 용에 대한 기도는 용잡이에 대한 동경에서 세상에 대한 이해로, 나아가 자유에 대한 결심으로 이어진다. 마침내 의지의 연결에 다다른 기도는 초대 퀸 자자호를 부서뜨린 진천왕 티폰을 도룡선 플라나그라바호로부터 지키려고 한다.

퀸자자호의 선원들은 상하의 섬에서 휴가를 보내게 됩니다. 사실은 휴가보다는 퀸자자 호의 재건을 위해 15년전 티폰에게 추락당한 초대 퀸자자 호의 진장 밸러스트를 인양하려고 온 것이지만요. 초대 퀸자자 호의 진장 밸러스트를 활용해서 새로운 퀸자자호에 이식하는 것을 목표로경화물선을 빌려서 상하의 섬에 온 것이었습니다. 하지만 15년 전에 추락한 비행선 찾기라 막막할 것 같아 보이네요.

새로운 배가 준비되기 까지 평화로운 일상을 보내는 일행.
크로코는 15년 전에 난파된 초대의 낙하지점을 찾아 나섬.
유령선에 대한 소문을 듣게 된 뒤, 정말 그 유령선을 발견하고 그 배의 표식이 초대 퀸 자자의 것임을 발견하고 쫓기 시작.
그리고 그 배에 도착한 뒤 밝혀지는 사실들.
새로운 퀸 자자가 완성되고, 배의 곳곳을 보여주며 새로운 항해를 시작.
다음 권부터 전설의 용을 찾아 떠나는 여정이 시작함.